自来水虽然经过加氯处理，实际微生物可能在100个菌/ml,甚至更多，灭菌没有实际意义。纯化水中的机械过滤器需要定期反冲，但是不需要灭菌。

活性炭过滤器有三个作用，一是吸附有机物，包括部分热源；二是去除游离氯，以保护后道的不锈钢设备，减少氯对不锈钢设备的腐蚀；三是过滤水中的微粒；活性炭柱吸附有机物后，为微生物的生长提供了良好的条件，因此，活性炭柱需要采用巴氏消毒（80摄氏度以上循环1小时）或蒸汽灭菌，这样的热处理一则可解吸附，使活性炭再生，二则杀灭微生物，降低生物负荷。在巴氏消毒或蒸汽灭菌后，在进行反冲，将污染物排放。

如果不采取这种处理方式，后道反渗透生物负荷太大，细菌内毒素含量也会因此大增，有可能超过反渗透的处理能力，使纯化水的微生物污染水平处于失控状态。

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